如果你有几十条或者几百条核酸或蛋白质序列,但是又不会编程做本地blast注释,那么我们就可以选择NCBI上做。主要用到两个工具: 1)NCBI BLAST: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
2)Batch entrez: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez? 1. 将序列整理成fasta格式,如下
2.比对完成后,在比对结果页面选择download,下载Table(csv)、Hit或Hit Table(text)等各种格式的比对结果。本次下载的是Table(csv)格式:
3.将比对上的相似序列GI或gb号整理成txt格式,每个编号占一行:
4.登录Batch entrez网站;如果是核酸序列编号,选择nucleotide,蛋白编号选择protein;
点击Retrieve后,如果出现“Result is empty. Can't proceed to Entrez”,可能是浏览器问题,可以换个浏览器,比如chrome,检索结果如下:。
5.进入检索页面,直接file——fasta——create file就可以保存序列。
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