1.出发点不一样，所要解决的问题不一样。医疗事故鉴定主要是为卫生部门行政执法提供依据，司法鉴定主要是为司法裁判提供依据。2.鉴定的范围不一样。司法鉴定的范围比医疗事故鉴定的范围要宽得多。3.鉴定的程序不一样。当医院方申请医疗事故鉴定和患者方申请司法鉴定发生冲突时，从有利于化解矛盾和提高诉讼效率的角度考虑，应当准许司法鉴定。但关键问题是，进行司法鉴定的也需要有相应的临床医学知识。对于同时存在医疗事故鉴定和司法鉴定，采信权在法官。
一、司法鉴定所需材料
司法鉴定的种类有很多，不同种类的司法鉴定所需的材料的要求也不一样。鉴定所需提供的材料通常为：委托书、身份证、鉴定所需的样本和检材等。下面是委托作法医临床司法鉴定所需提供的材料目录：
（1）鉴定委托书；
（2）案情；
（3）被鉴定人身份证明文件；
（4）病历及辅助检查材料；
（5）重新鉴定的，应该在委托书中注明，并提供原鉴定意见书；公安机关鉴定机构已作损伤程度鉴定的，应提供损伤程度鉴定意见书原件或复印件。
（6）需该机构司法鉴定人员回避的，予以注明。
（7）应注明委托鉴定材料的名称、数量。
二、我国司法鉴定如何实施？
1、委托阶段。这是司法鉴定程序开启阶段。委托人应向司法鉴定机构出具司法鉴定委托书，提供自己的身份证明，并提供委托鉴定事项所需的鉴定材料。委托人委托他人代理的，应当要求出具委托书。这里注意，委托人向司法鉴定机构提供的鉴定材料要真实、完整、充分；不得要求或者暗示司法鉴定机构和司法鉴定人按其意图或者特定目的提供鉴定意见。否则，鉴定出的结论会被法庭和其他当事人质疑甚至被重新鉴定。
2、受理阶段。在这一阶段，司法鉴定机构要对委托的鉴定事项进行审查，审查主要有以下几点：1、是否属于司法鉴定业务范围；2、鉴定事项的用途及鉴定要求是否合法；3、鉴定材料是否真实、完整、充分。对符合上述要求的鉴定委托，予以受理，作出受理的决定并与委托人签订司法鉴定协议书。
3、鉴定阶段。该阶段中，司法鉴定机构指定或者选择本机构中具有该鉴定事项执业资格的二名司法鉴定人共同进行鉴定，对鉴定过程进行实时记录并签名；对不同的鉴定事项有不同的鉴定方式。
4、补充鉴定阶段。这个阶段的发生是根据委托人的请求进行的，主要原因是：委托人增加新的鉴定要求的；委托人发现委托的鉴定事项有遗漏的；委托人在鉴定过程中又提供或者补充了新的鉴定材料的；其他需要补充鉴定的情形。补充鉴定是原委托鉴定的组成部分。
5、重新鉴定阶段。这一阶段的开始主要是三个原因。
(1)鉴定的程序不合法：原鉴定人不具有从事原委托事项鉴定执业资格的；原鉴定机构超出登记的业务范围组织鉴定的；原鉴定人按规定应当回避没有回避的。
(2)委托人或者其他诉讼当事人对原鉴定意见有异议，并能提出合法依据和合理理由的；
(3)法律规定或者人民法院认为需要重新鉴定的其他情形。接受重新鉴定委托的司法鉴定机构的资质条件，一般应当高于原委托的司法鉴定机构。
6、复核鉴定阶段。这一阶段是鉴定机构自我审查环节。委托的鉴定事项完成后，司法鉴定机构指定专人对该项鉴定的实施是否符合规定的程序、是否采用符合规定的技术标准和技术规范等情况进行复核，发现有规定情形的，司法鉴定机构予以纠正。
【本文关联的相关法律依据】
《司法鉴定程序通则》
第十四条司法鉴定机构应当对委托鉴定事项、鉴定材料等进行审查。对属于本机构司法鉴定业务范围，鉴定用途合法，提供的鉴定材料能够满足鉴定需要的，应当受理。对于鉴定材料不完整、不充分，不能满足鉴定需要的，司法鉴定机构可以要求委托人补充;经补充后能够满足鉴定需要的，应当受理。
第二十八条司法鉴定机构应当自司法鉴定委托书生效之日起三十个工作日内完成鉴定。鉴定事项涉及复杂、疑难、特殊技术问题或者鉴定过程需要较长时间的，经本机构负责人批准，完成鉴定的时限可以延长，延长时限一般不得超过三十个工作日。鉴定时限延长的，应当及时告知委托人。司法鉴定机构与委托人对鉴定时限另有约定的，从其约定。在鉴定过程中补充或者重新提取鉴定材料所需的时间，不计入鉴定时限。
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