有债权债务纠纷的公司应经过破产清算程序后方可注销。公司需依法清算并清偿债务，制作清算报告，并报股东会、股东大会或法院确认后，方可向公司登记机关申请注销。《中华人民共和国公司法》规定了清算组的职责和清算期间的限制，清算结束后需制作清算报告并申请注销公司登记。
法律分析
有债权债务纠纷的公司是不可以直接注销的，一般还要依法经过破产清算程序。公司申请注销之前应当依法清算，以公司财产清偿公司债务。清算结束后，应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，才可以向公司登记机关申请注销。
法律依据：有债权债务纠纷的公司是不可以直接注销的，一般还要依法经过破产清算程序。公司申请注销之前应当依法清算，以公司财产清偿公司债务。清算结束后，应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，才可以向公司登记机关申请注销。
法律依据：《中华人民共和国公司法》第一百八十六条清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。
清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。第一百八十八条公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。
结语
根据以上法律依据，有债权债务纠纷的公司在申请注销前，必须经过破产清算程序。清算组应当依法清算公司财产，清偿公司债务，并制作清算报告。该报告需经过股东会、股东大会或人民法院确认后，方可向公司登记机关申请注销。在清算期间，公司不得从事与清算无关的经营活动，且公司财产在清偿前不得分配给股东。清算结束后，清算组应当制作清算报告，并向公司登记机关申请注销公司登记，公告公司终止。
法律依据
中华人民共和国企业破产法：第四章 债务人财产 第三十一条 人民法院受理破产申请前一年内，涉及债务人财产的下列行为，管理人有权请求人民法院予以撤销：
（一）无偿转让财产的；
（二）以明显不合理的价格进行交易的；
（三）对没有财产担保的债务提供财产担保的；
（四）对未到期的债务提前清偿的；
（五）放弃债权的。
中华人民共和国企业破产法：第十章 破产清算 第二节 变价和分配 第一百一十五条 管理人应当及时拟订破产财产分配方案，提交债权人会议讨论。
破产财产分配方案应当载明下列事项：
（一）参加破产财产分配的债权人名称或者姓名、住所；
（二）参加破产财产分配的债权额；
（三）可供分配的破产财产数额；
（四）破产财产分配的顺序、比例及数额；
（五）实施破产财产分配的方法。
债权人会议通过破产财产分配方案后，由管理人将该方案提请人民法院裁定认可。
中华人民共和国企业破产法：第七章 债权人会议 第一节 一般规定 第六十一条 债权人会议行使下列职权：
（一）核查债权；
（二）申请人民法院更换管理人，审查管理人的费用和报酬；
（三）监督管理人；
（四）选任和更换债权人委员会成员；
（五）决定继续或者停止债务人的营业；
（六）通过重整计划；
（七）通过和解协议；
（八）通过债务人财产的管理方案；
（九）通过破产财产的变价方案；
（十）通过破产财产的分配方案；
（十一）人民法院认为应当由债权人会议行使的其他职权。
债权人会议应当对所议事项的决议作成会议记录。
因篇幅问题不能全部显示，请点此查看更多更全内容