刑事诉讼法中的公诉案件和自诉案件，虽然都是刑事案件，但二者之间是有严格区别的，主要是：
(一)案件来源不同。公诉案件是由国家公诉机关即人民检察院提起的;而自诉案件是由被犯罪行为侵害的公民、个人或者他的法定代理人、监护人、近亲属直接向人民法院提起的。
(二)犯罪性质和危害程度不同。
(三)审查程序不同。与庭审方式改革相适应，现行刑事诉讼法弱化了公诉案件进行庭前审查的实体内容，基本上实行程序性审查，即审查只要符合“起诉书中有明确的指控犯罪事实并且附有证据目录、证人名单和主要证据复印件或照片的”，人民法院就应当决定开庭审判，审查的主体是负责该案审理的审判组织成员;而自诉案件则应经二次审查，第一次是立案前的程序审查，审查是否符合立案标准，根据立、审分立的原则，审查的主体应是专门审查立案的人员。第二次审查是开庭前的实体审查，审查是否符合“犯罪事实清楚，有足够证据”这一开庭审理的必备条件，符合开庭审理条件的应转到开庭审理程序，不符合开庭审理条件的，应说服自诉人撤回自诉或裁定驳回起诉，审查的主体是负责该案审理的审判组织人员。
(四)当事人的诉讼权利不完全相同。
(五)当事人的诉讼地位不同。自诉案件中的被害人是自诉人，居原告地位，而公诉案件中公诉机关(人民检察院)居原告地位，被害人则处于证人地位。
(六)当事人行使诉讼权利的时间不同。
(七)举证责任不同。
(八)刑罚处罚的轻重不同。自诉案件的刑罚处罚，一般都在三年以下有期徒刑、拘役或管制;而公诉案件的刑罚处罚可达十年以上有期徒刑、无期徒刑直至死刑。
(九)案件的可分性特点不同。
(十)审理期限的要求不同。
在生产销售假冒伪劣产品的案件当中，可能有些商家已经私下和消费者达成了和解协议，可是，这种行为在已经构成犯罪人的情况下，即便是消费者不追究法律责任，公诉方也一定会按照生产销售伪劣产品罪提起公诉的，因为这种行为影响到的不是个别消费者。
一、刑事自诉案立案了那么轻易吗
刑事自诉案不轻易立案。自诉案件，是'公诉案件'的对称。刑事自诉，是指被害人、被害人的法定代理人、近亲属为了追究被告人的刑事责任而直接向人民法院提起的刑事诉讼。
人民法院对于自诉人起诉的自诉案件进行审查后，按照下列情形分别处理：
(一)犯罪事实清楚，有足够证据的案件，应当开庭审判;
(二)缺乏罪证的自诉案件，如果自诉人提不出补充证据，应当说服自诉人撤回自诉，或者裁定驳回。